Procedury dezynfekcji endoskopów obowiązujące w pracowniach endoskopii muszą uwzględniać zarówno charakter zagrożeń, czyli szczególne narażenie na skażenie drobnoustrojami z wydzielin organizmu, jak i specyfikę sprzętu do endoskopii – jego konstrukcje i wykorzystane materiały. Stąd konieczność stosowania preparatów gwarantujących skuteczną dezynfekcję, jednocześnie neutralnych dla narzędzi i urządzeń, a także odpowiednich zestawów czyszczących.